Des palais furent édifiés également et ornés avec le concours d’artisans andalous venus de Cordoue et de Séville, qui apportèrent le style omeyyade caractérisé par des coupoles ciselées et des arcs polylobés. Cette influence andalouse fusionna avec les éléments sahariens voire ouest-africains et fut synthétisée dans une architecture originale totalement adaptée à l’environnement spécifique de Marrakech. La ville devint la capitale de l’Émirat almoravide qui s’étendait des rives du Sénégal jusqu’au centre de l’Espagne et du littoral atlantique jusqu’à Alger.
La cité fut ensuite fortifiée par le fils de Youssef Ibn Tachfin, Ali Ben Youssef, lequel fit édifier vers 1122-1123 des remparts encore visibles.
Pavillon principal des jardins de la Ménara En 1147 les Almohades, partisans d’un Islam orthodoxe et issus des tribus masmoudas du Haut-Atlas, s’emparèrent de la ville. Les derniers Almoravides furent exterminés sauf ceux qui s’exilèrent aux îles Baléares (famille des Beni Ghania). En conséquence la presque totalité des monuments fut détruite. Les Almohades construisirent de nombreux palais et édifices religieux, comme par exemple, la célèbre mosquée de la Koutoubia bâtie sur les ruines d’un palais almoravide, et sœur jumelle de la Giralda de Séville et de la tour Hassan (inachevée) de Rabat.
La Kasbah abrita la résidence califale (depuis le règne d’Abd al-Moumin le souverain almohade portait le titre de calife, rivalisant ainsi avec le lointain califat oriental des Abbassides), agrémentée d’un hôpital qui attira le médecin andalou Ibn Toufayl. De l’ensemble majestueux de la Kasbah Mansourienne, nommée ainsi d’après le calife Abu Yousef Yaqoub al-Mansour, subsiste encore la superbe porte de Bab Agnaw. Marrakech fut ainsi digne d’abriter la capitale de la puissance majeure de l’Occident musulman méditerranéen de l’époque, l’Empire Almohade qui englobait toute la région comprise entre Cordoue et Tripoli, de l’Espagne jusqu’à la Libye.
À la fin du xviie siècle, la dynastie Alaouite succéda aux Saadiens. Le trône fut successivement transféré à Fès puis à Meknès, nouvelle ville impériale. Le sultan Mohammed III (1757-1790) choisit la ville comme lieu de résidence principale, en raison de la proximité du port de Mogador (actuelle ville d’Essaouira) qu’il faisait édifier sur les plans de l’architecte français Théodore Cornut. C’est en outre à Marrakech que fut conclu en 1787 le premier traité d’amitié entre le Maroc et les États-Unis nouvellement indépendants. En 1792, Marrakech devint la capitale d’un fils de Mohammed III, Hicham, qui se fit reconnaitre comme sultan par cette partie du pays tandis que son frère Soulayman était reconnu sultan légitime à Fès par les oulémas et par les provinces au nord du fleuve Oum Errabiaa. Il s’ensuivit une guerre entre les deux sultans rivaux, qui s’acheva par la défaite de Hicham en 1796, malgré le soutien espagnol dont il bénéficiait. Marrakech fut reconquise par Sulayman en 1797 et la ville réintégra le territoire du makhzen officiel de Fès.